Predviđeno je da web aplikacija Muzejskog informacionog sistema ima sledeću strukturu opcija glavnog menija:

• Katalozi
  • Opšti katalozi
    • Pravna lica
    • Fizička lica
    • Smeštaj - lokacije
    • Objekti muzeja
    • Vrste klasifikacija
    • Klasifikatori
    • Struktura muzejskih ustanova
  • Stručni katalozi
    • Materijali
    • Boje
    • Tehnike - tehnološke operacije
    • Alati - mašine - uređaji
    • Proizvođači
    • Kovnice
    • Oblasti kovnica
    • Kulture - stilovi
    • Jedinice mera
  • Podaci o nalazima
    • Mikrolokacije
    • Lokaliteti
  • Personalni podaci
    • Autori
    • Vladari
  • Geografski podaci
    • Opštine - mesta
    • Mesta
    • Opštine
    • Regioni
    • Države
  • Organizacioni podaci
    • Radnici
    • Struke - zanimanje
    • Pozicije - radna mesta
• Dokumenti
  • Prijemna knjiga
    • Prijem predmeta
    • Prijem predmeta sa terena
    • Primljeni predmeti - vraćanje
    • Revers - izlaz
    • Revers - ulaz
  • Delovodnik
  • Ugovor
  • Akt stručnog tela
  • Odluka o kategorizaciji
  • Ulazna knjiga
    • Ulazna knjiga EP
    • Ulazna knjiga (izlaz u drugi muzej)
    • Ulazna knjiga (razduženje)
  • Inventarna knjiga
    • Ulaz nabavljenih MP u zbirku
    • Ulaz EP u eksternu zbirku - inv
  • Muzejski dokumenti - početno stanje
    • PS prijema MP
    • Ulazna knjiga - PS
    • Inventarisanje - ulaz MP u zbirku po PS
• Muzejski predmeti
  • Muzejski predmeti - izbor
  • Muzejski predmeti - izbor kustosa
  • Teme -
  • Statistički izveštaji